確定申告をe-Taxでやる手順｜マイナンバーカードとスマホで提出する流れ

税金・申告最終更新: 2026-06-21

e-Tax（イータックス）は、確定申告書をインターネット経由で税務署に提出できる国税庁の電子申告システムです。自宅から24時間提出でき、青色申告特別控除の65万円の要件（e-Taxでの申告または優良な電子帳簿の電子保存）を満たせるのが大きな利点です。最近はパソコンがなくても、マイナンバーカードと対応スマートフォンだけで申告を完結できるようになっています。この記事では、フリーランス・個人事業主がe-Taxで確定申告をする手順を、準備から送信・納付まで順番に整理します。確定申告の全体像は確定申告の流れもあわせて確認してください。

e-Taxで申告する2つの方式

e-Taxを使うには、本人確認の方法として「マイナンバーカード方式」か「ID・パスワード方式」のどちらかを使います。どちらでも提出はできますが、準備するものと手間が違います。

STEP1｜事前に準備するもの

スマホとマイナンバーカードで申告する場合、まず次のものをそろえます。マイナンバーカードのパスワードは申告中に複数回入力するため、思い出せるようにしておきましょう。

• マイナンバーカード（有効期限内のもの。通知カードでは不可）
• マイナンバーカード対応のスマートフォン（カードを読み取れる機種）
• マイナポータルアプリ（スマホにインストールしておく。読み取りに使う）
• マイナンバーカードの2つのパスワード: 署名用電子証明書（英数字6〜16文字）と、利用者証明用（数字4桁）
• 申告に使う数字: 1年分の売上・経費の集計、各種控除証明書（必要書類は確定申告の流れを参照）
• 還付を受ける場合の振込先口座情報

STEP2｜確定申告書等作成コーナーにアクセスする

申告書の作成は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使うのが基本です。画面の案内に沿って金額を入力すると税額が自動で計算され、そのままe-Taxで送信できます。会計ソフトの確定申告機能から直接e-Tax送信する方法もあり、日々の帳簿づけを会計ソフトで行っている場合はそちらが手早いことが多いです。会計ソフト選びで迷うなら主要3社の会計ソフト比較が参考になります。

1. スマホのブラウザで国税庁「確定申告書等作成コーナー」を開く
2. 「作成開始」を選び、提出方法として「e-Tax（マイナンバーカード方式）」を選ぶ
3. 案内に従ってマイナポータルアプリを起動し、マイナンバーカードを読み取って本人確認・ログインを行う
4. 作成する申告書の種類（所得税）を選ぶ

STEP3｜マイナポータル連携で自動入力する（任意）

マイナンバーカード方式では、マイナポータルと連携することで、対象となる控除証明書等の情報を一括で取得し、申告書に自動で反映できます。対応している証明書は年々増えており、手入力の手間と転記ミスを減らせます。連携には事前のアカウント連携設定が必要なため、使う場合は早めに準備しておきましょう。

• メリット: 控除証明書などの数字を手で入力しなくてよく、入力ミスが起きにくい
• 注意点: 連携できる書類は発行元の対応状況による。連携対象外の控除は従来どおり手入力する
• 使わない選択も可: 連携設定が間に合わないときは、証明書を見ながら自分で入力すれば問題なく申告できる

STEP4｜売上・経費・控除を入力する

画面の案内に沿って、事業の売上と経費、各種控除を入力していきます。青色申告の人は、決算書（青色申告決算書）の作成画面で売上・仕入・経費・各勘定科目を入力し、最後に所得税の申告書へ金額が引き継がれます。控除は漏らすとそのぶん税額が増えるため、自分が使えるものを確認しながら進めましょう。

• 事業所得: 1年分の売上合計と、経費を勘定科目ごとに入力（経費にできるもの一覧）
• 社会保険料控除: 国民年金・国民健康保険などの支払額
• 小規模企業共済等掛金控除: 小規模企業共済・iDeCoの掛金（共済とiDeCoの比較）
• 生命保険料・地震保険料控除: 証明書の数字を入力
• 源泉徴収された税額: 報酬から差し引かれた源泉税を入力すると、納めすぎていれば還付の計算に反映される（源泉徴収の計算ツールで確認）

入力後に表示される税額が、事前のイメージと大きくズレていないかを確認すると、入力ミスに気づきやすくなります。おおよその手取りや税額は手取り計算ツールで先に試算しておくと、チェックに使えます。

STEP5｜送信して受信通知を確認する

入力内容と税額を確認したら、最後にもう一度マイナンバーカードを読み取って電子署名を付与し、送信します。送信が完了すると、e-Tax（受付システム）に「受信通知」が記録されます。これが提出できた証拠になるため、必ず確認・保存しておきましょう。

• 送信前: 申告書の控え（PDF）を保存・印刷しておく。住宅ローン審査や保育園手続きで所得証明として使うことがある
• 送信後: 「受信通知」を確認する。受け付けられた日時が記録される
• エラー時: 送信エラーが出たら、入力必須項目の漏れやカード読み取りの失敗が原因のことが多い。案内メッセージに従って再送する

STEP6｜納税する（e-Taxと相性のよい方法）

申告して納める税額が出た場合は、原則として申告期限と同じ日（通常3月15日）までに納付します。e-Taxを使った場合は、そのまま電子的に納付できる方法が便利です。

e-Taxでつまずきやすいポイント

• カードが読み取れない: スマホのケースを外す、カードの位置を変える、マイナポータルアプリを最新版に更新すると改善することがある
• パスワードを忘れた・ロックした: 署名用は市区町村の窓口で再設定。あいまいなときは申告前に確認しておく
• マイナポータル連携が間に合わない: 連携を使わず、証明書を見ながら手入力すれば申告は問題なくできる
• 期限ぎりぎりの混雑: 受付期間の終盤はアクセスが集中しやすい。早めの提出が安全

e-Taxは一度設定してしまえば、翌年からはログインと入力だけで済むようになります。まだ開業届を出していない人は開業届の書き方チェックリストから、申告全体の段取りは確定申告の流れから始めると、申告期の作業がぐっと軽くなります。日々の帳簿づけを会計ソフトで自動化しておくと、e-Tax送信までの手間がさらに減ります。