確定申告を間違えたときの直し方｜修正申告と更正の請求の違い【フリーランス】
確定申告書を出したあとで「経費を入れ忘れた」「売上を二重に計上していた」「控除の証明書が後から出てきた」などの間違いに気づくことは珍しくありません。提出後でも訂正はできますが、直す方向（税金が増えるのか減るのか）によって手続きの名前と期限が変わります。この記事では、フリーランス・個人事業主が確定申告の誤りに気づいたときの直し方を、国税庁の案内をもとに整理します。
まず「どちらに直すのか」を確認する
確定申告の訂正は、税額が当初の申告より増えるか減るかで手続きが分かれます。下の表でどちらに当てはまるかを確認してください。
| 気づいた間違い | 税額の方向 | 手続きの名前 |
|---|---|---|
| 売上の計上もれ、経費の過大計上、控除の過大計上など | 納める税金が少なすぎた／還付が多すぎた | 修正申告 |
| 経費の計上もれ、控除のもれ、所得の二重計上など | 納める税金が多すぎた／還付が少なすぎた | 更正の請求 |
| そもそも申告期限までに申告していなかった | — | 期限後申告（無申告加算税の対象になることがある） |
「修正申告」は当初の申告内容を自分で訂正して、追加で税金を納める手続きです。「更正の請求」は税金を納めすぎていたときに、税務署に『正しい税額に直してください』と請求し、認められれば差額が還付される手続きです。両者は方向が逆なので、まず自分の間違いがどちらに当たるかを最初に確認しましょう。
更正の請求は「原則5年以内」が期限
更正の請求には期限があります。国税庁によると、原則として法定申告期限から5年以内に「更正の請求書」を提出する必要があります。所得税の確定申告の法定申告期限は原則として翌年3月15日なので、たとえば令和6年分（2025年3月17日が期限※土日の関係で前後します）であれば、その期限からおおむね5年が目安です。
気になるのは「いくら戻るのか」です。更正の請求で戻る所得税の目安は、もれていた経費や控除の額に、自分に適用される所得税率をかけた金額です。所得税率は課税所得に応じて5〜45%の7段階で変わります（国税庁タックスアンサーNo.2260）。次は事業の外注費20万円の計上もれに気づいたケースの概算です。
- 課税所得に対する所得税率が10%の人（課税所得195万〜330万円のゾーン）… 20万円 × 10% ＝ 約2万円（＋復興特別所得税）を納めすぎていた計算になり、更正の請求が認められればこの差額が還付されます。
- 同じ20万円でも所得税率が20%の人（課税所得330万〜695万円のゾーン）… 20万円 × 20% ＝ 約4万円が還付の目安です。加えて翌年度の住民税（おおむね10%）も約2万円軽くなります。
- ※実際の還付額は各自の課税所得（適用される税率）によって変わります。経費・控除の額が大きいほど、また税率の高い人ほど戻る額は大きくなります。
修正申告は「早く・自主的に」がポイント
納める税金が少なすぎたときの修正申告は、行うタイミングによって過少申告加算税の有無や率が変わります。国税庁の説明にもとづくと、おおむね次のような扱いです（具体的な該当の可否は税務署にご確認ください）。
| 修正申告を行うタイミング | 過少申告加算税の扱い |
|---|---|
| 税務調査の通知より前に、自主的に修正申告した | 原則としてかからない |
| 調査の事前通知の後〜調査による更正の予知前に修正した | 新たに納める税金の5％（一定額を超える部分は10％） |
| 調査を受けてから（更正を予知して）修正した | 新たに納める税金の10％（一定額を超える部分は15％） |
つまり、間違いに自分で気づいたなら、税務調査の連絡が来る前に自主的に修正申告するほど負担が軽くなります。なお、過少申告加算税がかからない場合でも、法定納期限の翌日から納付の日までの延滞税は別にかかります。延滞税の割合は年ごとに変わり、国税庁によると令和8年（2026年）中は、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8%、それ以降は年9.1%です（令和7年は年2.4%・年8.7%。国税庁タックスアンサーNo.9205）。
「自主的に直すと、どれくらい違うのか」を金額で見てみます。修正申告で追加で納める所得税が30万円だったとして、法定納期限の翌日から2か月以内（令和8年の割合）に納付した場合の負担の目安が下の表です。
| 修正のタイミング | 過少申告加算税 | 延滞税（概算） | 追加負担の合計 |
|---|---|---|---|
| 調査の通知が来る前に自主的に修正 | 0円 | 約1,400円 | 約1,400円 |
| 調査を受けてから（更正を予知して）修正 | 30,000円（10%） | 約1,400円 | 約31,400円 |
手続きの流れ（3ステップ）
- 間違いの内容と正しい金額を確定する — どの項目（売上・経費・所得控除など）が、いくら違っていたかを帳簿や領収書で特定します。会計ソフトを使っていれば、該当の取引を直して正しい所得税額を再計算できます。
- 手続きを選ぶ — 税額が増えるなら修正申告、減る（還付が増える）なら更正の請求を選びます。修正申告は確定申告書（第一表・第二表）に「修正」と表示して作成し、更正の請求は『更正の請求書』を使います。いずれもe-Tax（電子申告）でも提出できます。
- 提出し、必要なら納付する — 修正申告で税額が増えた分は、修正申告書を提出する日までに納付します（延滞税も併せて納付）。更正の請求は内容が認められると、後日、指定口座に差額が還付されます。
更正の請求書には「請求の理由」を書く欄があります。何をどう間違え、正しくはどうなるのかを簡潔に書くと確認が進みやすくなります。記載に迷ったときの書き方の例です。
提出前の準備チェックリスト
- どの項目が・いくら・なぜ違っていたかをメモにまとめた
- 正しい所得金額と税額を再計算した（会計ソフトや手取り計算で確認）
- 増額（修正申告）か減額（更正の請求）かを確定した
- 裏づけとなる領収書・契約書・控除証明書などをそろえた
- 更正の請求の場合、法定申告期限から5年以内かを確認した
- 修正申告で増えた税額の納付資金（延滞税を含む）を用意した
- 提出方法（e-Tax・郵送・窓口）と還付先口座を確認した
金額の再計算や、どの科目を直すべきかの判断は、手作業だと間違えやすいところです。会計ソフトを使っていれば、該当の取引を修正するだけで所得税額が自動で再計算され、修正後の申告書もそのまま作成できます（会計ソフトごとの再計算・申告書作成機能の違いは比較ページで確認できます）。科目の分け方に迷う支出は勘定科目の選び方、経費にできるかどうかはフリーランスの経費一覧チェックリストもあわせてご確認ください。電子申告で直したい場合の手順は確定申告をe-Taxでやる方法で解説しています。
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よくある質問
確定申告を出した後に経費の入れ忘れに気づきました。直せますか？
直せます。経費の計上もれは納める税金が多すぎた（または還付が少なすぎた）状態なので、『更正の請求』を行います。原則として法定申告期限から5年以内に『更正の請求書』を提出し、認められれば納めすぎた分が還付されます。裏づけとなる領収書や計算明細を添えると確認がスムーズです。
修正申告と更正の請求はどう違いますか？
納める税金が少なすぎた（還付が多すぎた）ときに自分で訂正して追加納付するのが修正申告、納めすぎた（還付が少なすぎた）ときに税務署へ正しい税額への訂正を求めるのが更正の請求です。方向が逆で、修正申告は追加で納付、更正の請求は認められれば還付されます。
間違いに自分で気づいた場合、ペナルティはかかりますか？
納める税金が増える修正申告でも、税務調査の通知が来る前に自主的に行えば、原則として過少申告加算税はかからない取り扱いがあります。ただし、その場合でも法定納期限の翌日から納付日までの延滞税は別途かかります。気づいたら早めに、調査の連絡前に直すほど負担は軽くなります。
更正の請求はいつまでにすればよいですか？
国税庁によると、更正の請求は原則として法定申告期限から5年以内に行う必要があります。所得税の確定申告の法定申告期限は原則として翌年3月15日です。期限を過ぎると納めすぎた税金が戻らなくなることがあるため、早めに手続きしてください。
確定申告自体を忘れていた場合はどうなりますか？
申告期限までに申告していなかった場合は『期限後申告』となり、無申告加算税や延滞税の対象になることがあります。これも税務署から指摘される前に自主的に申告するほうが負担は軽くなります。まずは正しい内容で申告を済ませることが先決です。
